2 opciones:
1- Lo que te dice wuischke (si no le he entiendo mal) es que añadas cada uno de los directorios donde sabes que hay archivos compartidos al archivo sharedfiles.dat del .aMule.
Supongo que también puedes probar a borrar el archivo, cargar el aMule y seleccionar de nuevo los directorios que quieres compartir (date cuenta que el botón derecho del ratón selecciona también todos los subdirectorios del directorio seleccionado, es decir, selecciona de forma recursiva)
2- ¿Has probado a borra los archivos known.met y known2_64.met de la carpeta .aMule?
Si no lo has hecho (o nunca lo has hecho) ten en cuenta que cuando los borres e inicies el aMule de nuevo este empezará a buscar de nuevo todos los archivos que compartes y a crear su correspondiente hash, lo cual puede llevar mucho tiempo (y más si tienes archivos de medio tera
)