si. con copiar ~/.aMule/* y los directorio incoming y temp tendrias aMule igual que estaba (bueno, siempre que uses la misma version de aMule). Entre algunas versiones de aMule suceden pequeñas variaciones en la configuracion, pero en el 99% de los casos no se aprecian y se gestionan automaticamente, asi que no te preocupes.
u nsaludo!