Los BAK son una copia de los MET. Si se te corrompe el MET (o te "desaparece"), renombra el .BAK a .MET e inicia aMule. De esta forma no perderás nignún dato (excepto si el archivo .part es el corrupto, claro, pero eso no suele pasar, gracias a Dios ;-) )
Un saludo!