Cuando desinstalas un paquete, no borras sus archivos de configuracion (a no ser que lo indiques _explicitamente_). Lo que tienes que hacer, es borrar la carpeta ~/.aMule/ y el archivo ~/.eMule aunque perderas todo, incluidos los creditos. Yo te recomiendo que guardes los archivos clients.met cryptokey.dat y preferences.dat (todos dentro de ~/.aMule/ ) para mantener los creditos tuyos y de los demas. Incluso te diría que no borrases .emule ni .aMule, sino que los renombraras, para luego intentar volver a ponerlos.
Despues de renombrar/borrar/lo-que-sea ese direcotrio y archivo, vuvleve a ejecutar aMule. Debería volver a funcionar.
Un detalle, lo normal es que este tipo de problemas se deban a que known.met este corrupto o lo que sea. Borralo (esta en ~/.aMule/ ) y vuelve a ejecutar aMule. Tardare un rato (incluso _muchO_ rato si compartes muchos archivos y grandes) en dejar de consumir CPU, pero en principio, debería irte bien de nuevo, y te evitará perder _todo_ lo demás.
Conclusio: Borra (o renombra) ~/.aMule/known.met y ejecuta aMule. Si no va, borra o renombra ~/.aMule/ y ~/.eMule y ejecuta aMule. Si sigue sin ir, pasate por #amule en irc.freenode.net porque el problema ya sera más complicado ;-)
Suerte!
Un saludo