Hola!!
No soy ningun experto así que no puedo decirte mucho acerca de eso, sólo que a mi tambien me pasa y me pasaba con todas las versiones CVS que he probado.
Según lo que he leído tiene algo que ver con la codificación del archivo sea UTF-8 u otros, pero ya te digo, ni idea

Si es lo normal me quedo más tranquilo. Simplemente quitaré los acentos de los archivos en los que sea necesario. De todas maneras para las búsquedas es indiferente el acento (es igual con y sin) o las eñes (busca eñes como enes), así que mis archivos podrán ser hallados igual.
Algo extraño fue que no reconoció los archivos que estaban
previamente en compartidos, pero una descarga
a posteriori bajó con acento y todo, y así se guardó en Incoming, con acento

.
Eso si que es raro... Que server.met usastes? nodes.dat? A que servidor ed2k te conectastes? Que opciones usastes al buscar (Local, Global, Kad, ..) ? Quizás tenga que ver con esto: http://forum.amule.org/index.php?topic=13858.0
Si eso pasate por aki: http://forum.amule.org/index.php?topic=12750.0
Y actualiza el server.met y el nodes.dat.
Yo te recomiendo usar el servidor Razorback 3.0 , www.UseNeXT.to o el !! Saugstube !!
Usé todas las opciones para buscar (Local, Global, Kad) con nulo resultado.
El nodes.dat es el de emule inside, que felizmente es ahora el predeterminado

.
Habitualmente uso los servidores que citas (Razorback 3.0 , !!Saugstube!!).
Desde que volví a abrir el aMule el problema no se repitió, así que no sé si achacárselo al pobre aMule o otra cosa.
Y respecto de mi post original,
eMule sigue sin reconocer los archivos en descarga modificados por
aMule y les hace un hash nuevo, aunque no les encuentra corrupción.
Saludos