Ja, aMule - oder amuled - muss laufen, damit man verbinden kann.
Du kannst entweder aMule oder amuled nutzen, wobei ein großer Teil der Funktionen auch mit amuleGUI + amuled bereitgestellt wird. Du hast dabei zwei Anwendungen - amule und amuled - und startest halt eine von beiden.
Der Webserver verbraucht recht wenige Resourcen, es gibt Leute die amuled + amuleweb auf ihrem Router nutzen.