En "Sistema --> Preferencias --> Sesiones" ve a la pestaña "Sesión actual" y aumenta el campo "Orden" que corresponda a aMule. Por defecto si no recuerdo mal debe estar a 50, y gnome-pannel a 40, sube aMule a 60 o más para que sea el ultimo programa en ejecutarse, a ver si así le da más tiempo a gnome-pannel y puede cargarse completamente antes que aMule intente colocar su icono.