salut,
tu peux éditer le fichier ~/.aMule/amule.conf (~, c'est le dosier d'utilisateur) et changer IncomingDir= et TempDir pour lancer aMule.
Je pense que tu as besoin de ntfs-3g pour écrire en ntfs, je suis sure qu'il y'a des tutorieux pour ton distribution (Ubuntu?) en français, cherche-les, s'il te plaît.