Se possível, tente usar uma versão de aMule mais nova, uma baseada no tarball do svn. Se precisar te dou as dicas pra compilar. Nas versões mais novas você pode habilitar "ofuscação de protocolo", o que vai encriptar o trafego ED2K e vai dificultar a vida dos que tentam fazer traffic shapping com trafego p2p.
Limewire, se não me engano, não é ED2K, é GNUTela. É tão menos popular que ed2k que acho que os provedores não se preocupam muito com ele.
Abraços!