Primero, si usas Ubuntu compilarlo y empaquetarlo es tremendanmente sencillo, yo lo hago con un script en menos de 20 minutos

Segundo:
Pues con el amule, tg el ktorrent, firefox, el konqueror, el beep-media-player y los servicios que se cargan al inicio , aunk he deshabilitado algunos como el bluetooth, el de redes wifi , el anacron y alguno mas. Pero vamos , que me resulta muy extraño que el amule me consuma el 90%, ademas en el paquete ya ponia que estaba compilado con parametros de optimizacion.
Con todo eso encima no me extraña que Ubuntu te de problemas

No hay que abusar de los programas que pones al inicio y no se deberías usar un programa tan pesado como el Ktorrent con otro que no se queda corto como el aMule...

Lo de la optimización se refiere a la memoria Ram y supongo que lo del 90% se refiere al uso del procesador (CPU).
Lo más probable es que tu problema se deba a un "proceso natural" del aMule, es decir, a la rehashing de los archivos que se comparten y los que aun se estan descargando.
Cuando cambias de una versión del aMule como es la 2.13 a la 2.20 SVN el aMule vuelve a crear el hash para todos los archivos que compartas y/o descargues.
Este proceso por lo general si compartes muchos archivos o estas descargando mucho consume mucho porcentaje del procesador del sistema
¿Solución?
Liberar un poco el sistema durante el proceso hasta que acabe, una vez parezca que esta trankilo puedes volver a cargar Ubuntu con toda la cantidad de programas que le metias xD
Nota: No te asustes, este proceso no ocurre frecuentemente por lo que quizás el aMule no lo volverá a hacer durante un largooo periodo de tiempo.