Pues..., Laura.... no soy un experto en GuadaLinex pero si no me equivoco está basada en Ubuntu (de la cual sé algo más xD )
El principal problema que tienes es que la versión del aMule 2.1.3 a día de hoy está obsoleta = antigua = en proceso de desaparecer. Vamos... que no es nada recomendable seguir usándola.
La actual versión recomendada es la 2.2.0 SVN de la cual se sacan versiones cada día, semana o varias semanas. No es una versión oficial ya que aun hay problemas con el aMule de Mac Os X pero es lo suficientemente estable como para usarla diariamente (al menos yo lo hago desde hace meses)
En tu caso... no sé si alguno de los post que contienen paquetes del aMule 2.2.0 SVN para Ubuntu funcionaran en GuadaLinex. Aunque siempre puedes probar...
Deberías preguntar en el foro de Guadalinex si hay algún repositorio que contenga paquetes del aMule 2.2.0 SVN.
Respecto a los puertos, te recomiendo que los cambies, muchos servidores ed2k (a los que se conecta el aMule/eMule capan la velocidad de esos puertos para evitar sobre saturación.
Ah! por cierto, Linux (más bien, GNU/Linux) si tiene cortafuegos... xD Y además uno muy bueno