Depende, si has instado la 2.2.2 de los repositorios oficiales no tendrás ningún problema para instalarte la 2.2.3 de getdeb.
Respecto a lo segundo, es preferible actualizar el programa con el aMule cerrado, aunque no digo que no se pueda hacer como tu dices.
Si cumples la primera parte, no deberías tener que desinstalar nada. Además, tanto los créditos como las descargas se guardan en home, en la carpeta .aMule ( . delante del nombre significa que está oculta) o lo que es lo mismo, siempre se conservan.
