En tu Directorio personal, pulsa Ctrl + H y abre la carpeta .aMule.
En la carpeta .aMule tienes 2 carpetas (además de otras cosas), Incoming y Temp.
Pues bien, la carpeta Incoming almacena las descargas completas realizadas usando el aMule.
Si quieres un consejo, crea un acceso directo al escritorio de dicha carpeta para tenerla a mano.