Las reglas estan mal

Lo que dicen es que permiten pasar paquetes de conexiones ya establecidas, pero no tienes ninguna que permita establecer la conexion.
Es decir, lo que quieres es (con DROP por defecto).
# Conexiones entrantes para el amule
# TCP
iptables -A INPUT -i ppp0 -p tcp --dport 4662 -m state --state NEW -j ACCEPT
#UDP
iptables -A INPUT -i ppp0 -p udp --dport 4672 -m state --state NEW -j ACCEPT
# udp=tcp+3
iptables -A INPUT -i ppp0 -p udp --dport 4665 -m state --state NEW -j ACCEPT
Resto de reglas que tengas entrantes.
# Dejamos pasar las ya establecidas
iptables -A INPUT -i ppp0 -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
Esto es para la entrada, si usas drop en el OUTPUT tendras que definir reglas de salida.
Tambien puedes combinarlas en solo 3 por ej.
iptables -A INPUT -i ppp0 -p tcp --dport 4662 ACCEPT -m state --state NEW,ESTABLISHED -j ACCEPT
para las otras 2 lo mismo.