En UNIX (y, por tanto, en Linux también) los archivos o directorios cuyo nombre comienza con un punto ('.') son ocultos. Si usas una terminal (consola), haz "ls -A" para listar los archivos ocultos. Si usas un file manager, estilo Explorer, busca entre las opciones del programa.
Los archivos de configuraciópn de aMule se encuentran dentro del directorio "~/.aMule". "~/" singifica tu directorio "Home" (algo asi como /home/usuario o lo que sea).
Por tanto, el directorio .aMule es oculto. dentro de ese directorio tienes los directorios Temp y Incoming y los archivos de configuración de aMule.
un saludo