Nunca he usado amule en windows, así que no puedo responderte a las preguntas 2 y 3, en linux eso no pasa (si lo tienes nodo bien configurado).
En cuanto al tema de firefox, tienes que tener un programita que se llama ed2k.exe, seguramente estará en el mismo directorio que amule.exe.
Supongamos que tienes amule instalado en C:\Amule. Entonces la ruta a ed2k.exe sería, c:\amule\ed2k.exe, y eso sería lo que tienes que escribir en la configuracion de firefox para la clave:
network.protocol-handler.app.ed2k