si tu cherches toujours une soluce je crois que je peux t'aider, j'ai eu exactement le même problème que toi :
je le lançais en simple utilisateur et bien qu'il ne crashait pas je n'avais pas de jolie interface... dur
il gardait le .eMule de la version précédente (1.2.6 ou .7 ché plus) et l'option Desktop et Minimizetotray étaient bonnes (je suis sous windowmaker pas de barre)
alors j'ai supprimé le .eMule pour voir mais ça à rien changé
par contre en root il se lance parfaitement, donc du coup me créé sous /root le .eMule et le rèp .aMule qui va bien
alors suffit (en tout cas chez moi) de copié les fichiers de ton rép. .aMule sous /root (j'ai pas fais dans le détail : *.* ... mais pas * sinon tu vas perdre tes rèp Temp et Incomming) et là, oh miracle, amule se lance en simple user
reste plus qu'à changer le proprio des fichiers (chown) pour qu'il puisse écrire dedans
voilà j'espère que ça t'aura aidé
p.s : merci aux progs pour le suivit sur ce forum