Una pregunta, ¿cuando lo cierras lo cierras apagando (o reiniciando) el ordenador o simplemente lo cierras?
Lo digo porque yo uso Ubuntu y me pasaba algo parecido hasta que hice lo siguiente:
Abrí el amule, lo configure, lo cerré y reinicie el sistema. Luego al abrirlo de nuevo tenia la configuración que le había puesto.