Fai click sul menù "Cappello Rosso" --> "Impostazioni di Sistema" --> "Livello di Sicurezza".
Ti verrà richiesta la password di root.
Ti troverai di fronte ad un tool di configurazione del livello di sicurezza.
Se non hai abilitato il firewall fallo, che è meglio.
Alla voce "Altre porte" scrivi
4662:tcp, 4672:udp
Fai click su OK e Riavvia Emule.
Ora su Emule dovresti vedere, in basso a destra, le due freccine di colore verde.
Se è così è tutto ok.
PS: Non dimenticarti di condividere qualche file se no andrai molto lento.