Ja, das geht problemlos.
Bitte folgendermaßen vorgehen:
1. aMule unter Linux installieren
2. aMule einmal starten und gleich wieder schließen
3. Durch das einmalige Starten und Schließen legt aMule in Deinem Homeverzeichnis ein leeres "Gerüst" von Konfigurations-Dateien und -Verzeichnissen an, in das Du Deine angefangenen eMule-Downloads einfach reinkopieren kannst.
Auf dem Weg kannst Du nicht nur die angefangenen Downloads importieren, sondern auch die bisher gesammelten Credits. D.h. Du fängst nicht bei Null an, sondern da, wo Du mit eMule aufgehört hast.