aMule sabe que sistema operativo usa...pero no conoce todos los detalles sobre todo en Linux.
En Windows se usa normalemente una llave "registry" en HKCU/Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run, no sé como se hace en Mac y en Linux hay muchisímas variantes, por ejemplo Gnome, KDE, XFCE, OpenBox,...y diferentes maneras de autoinicio.
Prefiero una pagina en la wiki donde se explica el autoincio para todos los platformes.