A mi me pase lo mismo, usando ubuntu linux 5.10 y 6.06
Estoy detras del proxy de una universidad. La universidad tiene dos proxies funcionando, uno para HTTP en el puerto 80 y un proxy tipo SOCKS5 en el puerto 1080. Bajo windows y usando emule me conecto usando el proxy SOCKS5, pero bajo linux no puedo conectarme, y el mensaje que obtengo al conectarme a cualquier servidor es como el siguiente:
2006-06-04 21:08:23: Connecting to BiG BanG 10 (80.239.200.109 - 80.239.200.109:3000)
2006-06-04 21:08:23: Connected to BiG BanG 10 (80.239.200.109:3000)
2006-06-04 21:08:23: Lost connection to BiG BanG 10 (80.239.200.109:3000)
2006-06-04 21:08:23: Connection lost