Prueba con esto:
* Borra la carpeta .mozilla de tu home (date cuenta que perderás todas las extensiones del Firefox que hayas instalado)
* Ve al aMule y en donde pone Selección de navegador elige Firefox
* Instala el paquete amule-gnome-support, da igual que sea desde los repositorios oficiales como desde el que mantengo yo (ya que es el mismo)
* Abre el firefox y la carpeta .mozilla se volverá a crear automáticamente. Luego busca alguna web donde existan enlaces ed2k.
* Pulsa en un enlace ed2k y debería saltarte una ventana de si quieres ejecutar (o asociar) dicho enlace con la aplicación ed2k.
* Di que si, asegúrate de tener el aMule funcionando y debería aparecer la nueva descarga en Tráfico.
Agradezco tu esfuerzo e interés, Festor, pero he seguido tus instrucciones y, al final, al clickar sobre un enlace ed2k, me sale un aviso de que no se ha podido abrir por no haber ningún programa asociado, en vez de la ventanita que esperábamos. En Preferencias tenía seleccionado Firefox pero lo he deseleccionado y vuelto a seleccionar.
Es raro que no le haya ocurrido a alguien más. ¿Nadie del foro utiliza Kubuntu?.
Quizás haya que reiniciar aMule. Cuando finalice una descarga que me interesa, lo intentaré.
EDITO: Comprobado y no funciona la captura automática de enlaces, después de reiniciar.