Bei mir (2.0.0 RC 8, SuSE 9.1) dasselbe Problem: Alle fünf bis 40 Minuten Server-Verbindung verloren, zu verschiedenen Servern. Sonst ist alles in Ordnung.
Habe den Router SMC 7004 VBR Version 2.
Mir ist aufgefallen, dass die Verbindung mitunter direkt nach Beendigung eines Downloads oder nach dem Auffrischen der Liste der freigegebenen Dateien verlorengeht. Hier scheint irgendein Zusammenhang zu bestehen.
Teile 31 (nicht sonderlich begehrte) Dateien, lade drei runter, habe ca. 20 Verbindungen. Das Problem sollte daher nicht beim Router o.ä., sondern bei aMule liegen.
Generell habe ich den Eindruck, dass die Programmierung bzgl. der Verbindungseffizienz / -stabilität noch stark verbessert werden kann...