Ya está solucionado.
Había encontrado un ebuild que no funcionaba, pero he conseguido localizar otro en la web de Gentoo, y éste sí parece funcionar, así que voy a probarlo para ver si los bugs que os puse siguen en dicha versión.
Eso sí, como para instalar amule-cvs tengo que desinstalar el amule normal, aunque normalmente uso amuled en un PC y amulegui en el otro, voy a probar en un solo PC, ya que el que normalmente ejecuta amuled es muy lento y tarda mucho en compilar.