Zu Frage 1: aMule läuft prinzipiell in jedem runlevel in dem deine Kiste nicht runterfährt... ich schätze diese Frage resultiert ein wenig aus Unwissenheit was die runlevel (siehe sysv init) eigentlich bedeuten...
Zu Frage 2: Du brauchst eine grafische Oberfläche in irgendeiner Form - nicht notwendigerweise X - VNC ist z.B. für viele eine Lösung, wenn auch sicher nicht die einzige (virtual framebuffer... hat jemand das mal ausprobiert?).
