Hola,
ya existe aMuleGUI, que puede hacer todas estas cosas. Probabilmente es más facil usar este en lugar de programar un nuevo programma.
Sí. Actualmente hay la versión 2.2.2 (y dentro poco 2.2.3), que es estable y la versión dessarrollo. Si quieres programmar un interface, te adviso usar esta versión, porque eran muchos cambios con EC (el protocolo para la comunicación) y tu programma no funcionará con aMule 2.3.0.