Linux funktioniert völlig anders als Windows, und genau deswegen landen die Daten unter Windows anderswo, als Du es erwartest.
Nur mal einige Stichworte:
- Unter Linux kann man sich überhaupt nicht aussuchen, wohin ein Programm installiert wird, es sein denn, man kompiliert es selbst. Es würde auch keinen Sinn ergeben, den Installationspfad auszusuchen, weil die Logik anders ist und alle Programme in dasselbe Verzeichnis installiert werden.
- Unter Linux werden variable Programmdateien niema:s im selben Verzeichnis wie die ausführbaren Dateien installiert. Die ausführbaren Dateien liegen in einem Verzeichnis, wo nur der Systemadministrator Schreibrechte hat, und die variablen Dateien werden für jeden Benutzer getrennt im persönlichen Verzeichnis gespeichert.
Wie Du vielleicht schon merkst, ist die Logik völlig anders, und so erklärt es sich auch, dass sich aMule anders verhält, als Du es erwartest. Oder umgekehrt formuliert: Daraus, wie sich aMule unter Windows verhält, kannst Du keine Rückschlüsse auf Linux ziehen, weil es da normal ist.