nimmst du gui oder daemon!?
bei der gui hast du in den einstellungen die möglichkeit das system tray zu aktivieren und dann kannst es da auch wieder hervorheben
eine weiter möglichkeit ist es, amule einfach ein 2tes mal zu starten das hebt das aktuelle amule ebenfalls hervor statt ein 2tes zu starten.
für die abstutzsache, mach mal ein terminal auf und starte darin amule statt über das sytem-menu eintrag. dann kann man in der konsole auch die fehlermeldung gucken
