O uso do amule monolitico (não amuled/amulecmd/amulegui) é praticamente identico ao emule, não haverá grandes diferenças.
A unica que podes encontrar relaciona-se com a captação de links enviados por aplicações externas, como o browser: no emule, o link é enviado ao proprio programa; no amule deve ser enviado a um programa auxiliar externo, ed2k, que processa tais links e os envia para o amule (o ed2k deve ter sido instalado quando instalaste o amule, procura-o).
Se usas o webserver, este também é diferente, visto que é um programa externo no amule, e cuja comunicação com o amule necessita de ser configurada.
O uso dos outros modos (amuled/amulecmd/amulegui) não têm equivalência no windows, e embora poderosos, requerem alguma pesquisa para ver como funcionam.
Informações sobre todos estes programas encontram-se no wiki, dá-lhe uma olhadela, e coloca aqui as duvidas que ainda tenhas (mas lê primeiro as entradas no wiki).