A mi antes me pasaba lo mismo, y lo tenía como dice Crakem, pero así no conseguía que se descargaran como yo quería, sino como le pasa a Festor. Además, si por lo que sea los vas añadiendo según te los encuentras, y no en el orden de emisión, o así, no vale que vayan descargándose en el orden que han sido añadidos.
Lo que hice fue hacerme un pequeño programa en perl que es el que controla con una base de datos sqlite3 que toca descargar cada vez que se completa un archivo.
En el amule solo tengo lo que estoy bajando en ese momento, cuando se completa, gracias a la opción de ejecutar un comando cuando se acaba la descarga, hago una llamada a este programa y entre otros parámetros está el hash, para saber la descarga exacta que era. Actualizad la base de datos y le manda al amule el siguiente elink de la misma categoría que el que ha sido descargado basándose en el nombre del fichero, da igual cuando ha sido añadido.
Cada vez que hago un click en un elink se añade a la DB automáticamente y el programa decide si tiene que ir al amule, o tiene que esperar porque no le toca.
La verdad, que estoy bastante contento con este método, así puedo bajarme las series (básicamente lo único que bajo) en su orden de emisión.