Veramente io uso un CVS e non ho avuto problemi di alcun tipo se non indotti da qualche malfunzionamento sulla rete.
La directory .aMule e' la stessa della versione 2.1.3 il cui contenuto e' stato tranquillamente sovrascritto mantenedo inalterata la configurazione originale (incluse le porte, i limiti in upload e download etc).
Non saprei cosa consigliarti se non prendere un cvs e compilarlo da te nel dubbio che quello che ti sei ritrovato abbia qualcosa che non va(se segui il file README nella directory doc scoprirai che non e' poi cosi' difficile).
Intendiamoci, sarebbe un tentativo alla cieca senza un razionale serio sul quale basarsi, ma secondo me provare non costa nulla, se ti fermi a make (e non esegui make install) nessuno tocca la tua installazione originale e puoi tranquillamente provare ad eseguire la versione appena compilata lanciandola dalla directory src.
Immagino naturalmente che il test delle porte sia andato a buon fine e che oltre al router sia stato configurato l'eventuale firewall locale sulla macchina.
Altro non saprei proprio cosa dirti se non fare il solito giro di controlli da "supporto di primo livello" da call center dei poveri.
