Hola:
Les cuento que tengo un problema rarito: hace bastante que uso amule en Ubuntu 7.04 sin más problemas que una ocasional ID Baja. Pero hace un par de meses me pasó que voy a ver el porcentaje de descarga de los archivos y resulta que no los reconocía más... de repente dejó de descargar y no los levantó más por mas que reiniciara el programa.
¿Qué versión del aMule usas?, te recomiendo que uses la última CVS para Ubuntu 7.04, la puedes a encontrar aquí:
http://forum.amule.org/index.php?topic=13848.0Otro consejo es que procures reiniciar/apagar tanto Ubuntu como Windows de la forma correcta, y en el caso de Windows procura desfragmentarlo periódicamente.
Primero pensamos que podía ser que la partición del disco en donde descargaba estaba configurada como NTFS. Entonces configuramos la mula para que descargue en otra partición ext3 y copiamos todos los incompletos allí: sin embargo no levantó todos los archivos, sólo algunos de ellos siguió descargando.
Es probable que no hayas copiado todos los archivos al nuevo destino de descargar, recuerda que no sólo se deben copiar los de la carpeta
Temp sino también los de la carpeta
.aMuleTambién el hecho de pasar archivos importantes de ext3 a ntfs y ntfs a ext3 no es nada recomendable, el soporte de ntfs-3g aunque es bueno no es del todo perfecto y puede dar lugar a problemas.
No seguimos investigando en ese momento y simplemente le mandamos volver a descargar desde el principio lo que había ignorado...
Dos meses después me encuentro al abrir la mulita que se habían detenido las descargas por falta de espacio en disco... Libero espacio en disco... pero cuando vuelve a arrancar con la descarga me reconoce sólo dos archivos de los diez que estaba descargando. La cosa es que no me tira error en ningún momento, en el registro no aparece nada raro... pareciera que simplemente "deja de ver" los archivos... ¿Alguien tiene algúna idea de lo que pudiera estar pasando? 
Como ya te dije las causas pueden ser muy diversas, lo que más me intriga es que es muy posible que no apagues bien el ordenador o alguno de sus sistemas operativos....