¿Qué sistema operativo utilizas? En mi caso sólo se de GNU/Linux. Si coincides en Sistema, comprueba que dichos archivos tienen el mismo propietario que el usuario con el que trabaja el aMule. Es posible que por cualquier motivo, arranques el aMule con un usuario diferente al que normalmente has utilizado.
Mira quien es el propietarios del proceso con por ejemplo el siguiente comando
ps -fC amule | awk -F ' ' '{print $1}'
Sólo utilizo amuled, supongo que no me equivoco en el nombre del monolítico, pero no lo se seguro
luego comparalo con tus depósitos de archivos compartidos, y con el archivos del amule con un" ls -l"
Para cambiar los propietarios chown
pero eso en GNU/Linux, como comente, en el resto ... pos ni flores :-)
Saludos