Gracias a todos por vuestras respuestas. Al menos la parte de temporales y compartidos parece sencilla, el problema estará con los créditos y demás. Lo de instalar aMule linux/eMule Windows en la misma carpeta no me convence mucho, aunque lo puedo probar. ¿Hay alguna forma de decirle al aMule de linux dónde tiene que buscar clients.met, preferences,dat, etc., o está obligado a hacerlo en el mismo directorio donde se instaló aMule? Porque si se puede "apuntar" a otra carpeta podría ser una solución.
Parece menos arriesgado instalar la versión de aMule de linux en su partición, y luego la versión de aMule de Windows en la misma carpeta de la partición de Linux. Veo en la versión de Windows que, además de ejecutables .exe hay archivos .dll. ¿Funciona también linux con esas librerías? ¿Son compatibles las de Windows y linux? (lo siento, aún no sé nada de linux)?
Por otro lado, no sé si tendría problemas con la notación de directorios de Windows y Linux. Por ejemplo, leo que en amule.conf hay líneas de tipo:
OSDirectory=/home/ihmselbst/.aMule/
¿Eso es válido solamente para la versión de Linux de aMule, o la versión de Windows también usa la misma notación?