Pues lo puedes hacer tal como tu mismo has dicho ;-)
Haces que cron a lsa 18:00 ejecute el programa que uses de dial-up y "amule" (en las Preferencias de aMule ponle que se conecte automaticamente al servidor). Luego haces que a la hora que se te acaba la tarifa de internet se ejecute "killall amule" y que el programa de dial-up acabe la llamada.
Eso si, tendras que estar en las X, o como minimo tenerlas abiertas y hacer un "amule --display :0".
Para control a traves de ssh mirate "amulecmd"... pero aun y asi necesitaras que las X se esten ejecutando en el ordenador host.
Espero que eso te haya servido ;-)
Un saludo!