Ich würde an dieser Stelle mal auf den WLAN router tippen. Sehr viele überhitzen bei viel "Arbeit" (was aMule ohne zweifel wegen den vielen gesendete Daten bereitet) schlicht und einfach und schalten dann aus Sicherheitsgründen alle Ports ab. Ich hatte dieses Problem mit zwei WLAN Routern, bis ich auf einen Linksys umgestiegen bin - dieser läuft seit jeher ohne Probleme.
PS: Wenn du nach ähnlichen Problemen für deinen Router suchst wirst du wahrscheinlich eher fündig, als im aMule Forum diesbezüglich nachzufragen, da das Problem ja nur indirekt mit aMule zusammenhängt.