depende del problema a que se deba. Probablemente configuraste aMule para que se iniciara minimizado en el systray y configuraste mal el systray. En tal caso, borra ~/.eMule o modificalo para que:
StartupMinimized=0
DesktopMode=4
En versiones pre RC4 deberías poner DesktopMode=1
Si al arrancar aMule, sigue sin iniciar, sencillamente haz lo mismo que puse en el post anterior. Aunque si te preocupa muhco borrar archivos, puedes antes inentar borrando ~/.aMule/clients.met, que tambien da bastantes problemas al cambiar de una versión a aotra de aMule a veces.
Un saludo!