Ca demanderait de tout réécrire, et ce n'est pas l'orientation prise par aMule pour l'instant (d'après ce que j'ai compris)...
Par contre, il y a un projet qui a été pensé pour ça dès le départ :
ShareDaemonIls ne sont qu'en version alpha, il n'y a rien de fonctionnel pour l'instant, mais ça devrait venir.
Sinon, il y a apparemment moyens d'utiliser aMule sans GUI, sur un serveur par exemple, en "fakant X" (je reprends ce que j'ai pû lire, vu que je suis un débutant sous Linux), à l'aide de VNC (là encore, pas tout compris, mais c'est déjà des bases de recherche pour trouver les bonos postes).