Hola, que tal?...
Podrias decir que distribucion que usas y su version.. y a la vez haz un copy/paste de tu archivo fstab(que se encuentra en /etc/fstab).
Una forma muy bestia de solucionar tu problema es editando el archivo fstab y modificar la linea de montaje de fat32 a:
1.- abre un terminal(como no dijiste que distro, no se que terminal usaras), pero abre uno, y escribe "id" sin comillas, eso te dara tu UID, y tu GID, te dira algo como:
uid=1000(tu_user) gid=1000(tu_user),1000(tu_user)
El uid y gid es el NUMERO que esta al lado de tu_user, no es 1000(tu_user)
2.- Una vez que tengas listo tu ID, edita fstab(que esta en /etc/fstab), y la linea de montaje de vfat, editala, para que te queda algo como la siguiente:
/dev/hdaX /windows/d vfat rw,auto,uid=tu_user,gid=tu_user 0 0
* atento que tu_user, es el uid, y el gid que sacaste anteriormente.
** con esa linea se montara automaticamente al inicio del sistema la particion, ahora si no quieres que se monte automaticamente, en vez de auto, escribe noauto(junto)
*** UID = User ID, GID = Group ID.
**** como root debes haber creado la carpeta /windows/d para crear carpetas en el terminal pon mkdir /windows ; mkdir /windows/d ;
Con esto tu user, no deberia tener mas problemas

, pero esto SOLO es valido para UN usuario, ahora si eres admin de sistemas, o tienes un grupo de usuarios, ya se coplica algo la cosa, asi que eso quedaria para una nueva pregunta

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Lo anterior sirve para la mayoria de las distribuciones... EXCEPTO SUSE... asi que si usas suse, cambia la linea de montaje de vfat a algo como esto:
/dev/hdaX /windows/d vfat rw,users,gid=users,umask=0000,auto,quiet 0 0
Eso seria, CHAUX !!!!, cualqueir cosa, solo hazla saber

aca estaremos

PD1: Ojala te haya servido la explicacion, igual la encuentro algo enredada, pero si te concentras, lo entenderas

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PD2: Aca te dejo un enlace de interes, que fue cuando junto a jacobo peleamos con toda clase de problemas, hasta que al fin, encontramos la solucion
http://forum.amule.org/thread.php?threadid=3005&sid=&threadview=0&hilight=&hilightuser=0&page=1PD3: Sorry la falta de acentos, pero me encuentro reconfigurando mi sistema de forma general, y aun no he configurado la "castellanizacion" :S
