sideshow,
Não vejo nada que justifique o erro.
Mas posso te dizer o seguinte, seu diretório temporário está numa partição diferente da do diretório Incomming, e isso quer dizer que quando você termina de baixar o arquivo, o aMule vai ter que mover o arquivo entre partições. Essa é uma operação muuuuuito mais demorada que um simples "move" dentro da mesma partição, que leva uma fraçao de milisegundo. Se der algum problema nessa operação, realmente você pode acabar perdendo o arquivo.
Sugiro manter os dois diretórios na mesma partição, assim você dá muito menos chance ao azar.
Outra coisa que eu faria é colocar o MinFreeDiskSpace em algo em torno de 100, senão o aMule vai te comer até o último mega ;(
Abraços!