El problema no es ese, si le he entendido bien.
A mi me pasa lo mismo. Tengo varios programas que arrancan con las X y se colocan en el tray perfectamente, pero amule no. Para poder colocar amule en el tray tengo que esperara a que cargue gnome, y después arrancar amule "a mano".
Si lo intento arrancar como los demás (configurandolo en sesiones), el icono que debería estar en el tray aparece en la esquina superior izquierda del escritorio.
La verdad es que es un coñazo, porque a mi me gustaría darle al botón de encendido del ordenador y olvidarme (por las mañanas ando con el tiempo justo :]), pero bueno, es un mal menor.
