Michelle: es evidente que si cierras las X con CTRL+ALT+BACKSPACE, cosa que NUNCA deberias hacer, todos los programas que esten usando ese X moriran instantaneamente, sin opcion a borrar ese archivo. al volver a arrancaar X, se ejecutan muchos procesos y es bastante probable que alguno tome el PID de aMule.
lo que debes hacer para cerrar X de esa manera es salir a la consola (CTRL+ALT+1) e intentar matarlo pacificamente: "killall X" o "killall Xorg" (o como sea que se llame tu instancia de X)