Nunja, zunaechst einmal kann eMule ja nur von den armen schluckern genutzt werden, die windows fahren muessen. aMule hingegen laeuft inzwischen auf so ziemlich jedem betriebsystem, das mehr als 0.3% marktanteil hat (selbst auf BeOS

).
Der windowsport von aMule ist noch relativ jung, d.h. wenn du nichts anderes nutzt als windows macht es momentan vielleicht noch mehr sinn eMule zu benutzen. Wenn du hingegen mit verschiedenen betriebsystemen arbeitest, eventuell sogar auf einem rechner, dann macht wahrscheinlich aMule mehr sinn, weil du dann den selben client benutzen kannst, unabhaengig davon, vor was fuer einem betriebsystem du gerade sitzt.
Neben der verfuegbarkeit fuer viele plattformen ist ein weiterer vorteil von aMule, dass es einen core (amuled) gibt, der resourcensparend im hintergrund laufen kann und den man dann ueber verschiedene interfaces (remote-gui, webserver, command line client) steuern kann. Ueber den command line client kann man auch ganz hervorragend scripten. Bei letzterem bin ich mir allerdings nicht ganz sicher ob das auch unter windows geht, da windows ja keine vernuenftige shell hat.