"No si escribir, modificarlo ó borrar los archivos descargados sí que puedo." <- en Linux puedes modificar corrar, crear, etc cualquier archvo, aunque este siendo usado. su modo de manejar archivos es mas inteligente que la estuidez de wndows de no permitir dos accesos simulataneos a un mismo archivo.
y repito, el problema no viene de aMule casi seguro. digo casi solo porque seguro 100% nunca se puede estar. y dudo 99% que sea un problema de wxwidgets. asi que, como kry, y como ya te he dicho, apuesto por tu kernel o por algun sistema de logging chungo o.... quizas actualizarte a 2.6 no sea tan mala idea despues de todo.