Lucky_JL,
Não é necessário rodar o amuleweb para rodar o amulecmd, os dois são completamente independentes.
Naquele thread, se não me engano, tem um script que mostra como usar o amulecmd para fazer exatamente o que você quer, rodar ele com um script que passa os comandos de start/stop.
Na verdade, se seu ipfilter.dat estiver bem escrito, só é necessário mudar o nível do ipfilter com o comando SetIPLevel do amulecmd. Com isso você pode ter vários níveis, e em cada nível você tem bloqueios diferentes. Um ip no nível 100 será bloqueado se o nível corrente for maior do que 100 (o default é 127), e será liberado se o nível corrente for menor ou igual.
Vou mastigar pra você: cria um arquivo level200.cmd:
$ echo SetIpLevel 200 > level200.cmd
e roda
$ amulecmd < level200.cmd
Isso vai mudar o nível do aMule do default de 127 para 200. Só os IPs com nível acima de 200 vão ser liberados.
Infelizmente não entendo nada de gentoo, mas você sempre pode fazer as coisas na mão, sem usar emerge. É claro que vai te tomar um tempo pra aprender, mas certamtente vai compensar!
Abraços,
phoenix.