No sabia del MetFileRegenerator asi que acabe usando DonkeyDoctor con wine que me recupero una parte.
Pero resultaria mas comodo poder hacerlo desde el propio aMule sin tener que reiniciarlo. Imagino que no suele haber problemas con los archivos asi que la opcion no es algo prioritario, pero si un dia no sabeis que hacer... :]
Gracias de todas formas por el MetFileRegenerator.