Si además tienes el mismo sistema operativo en ambos. Es muy probable que puedas ejecutar el mismo aMule en ambos teniendolo en una unidad compartida. El mismo te avisará impidiendo su funcionamiento en caso de que ya esté funcionando en otro equipo, por lo que podrás iniciar sesión con las herramientas remotas, como han dicho amulcmd, via web, o amulegui.
Si se trata de diferentes sistemas operativos, sólo tendrás que preocuparte de que el usuario sea comun en ambos equipos, para el permiso de escritura, y que el home de dicho usuario coincida en ambos equipos.
(Je, je, lo cierto es que no hay problema, yo utilizo lo mismo en windows y linux, la misma configuración (sólo varian los binarios, el resto todo son los mismos archivos) y funciona bien). Bueno a veces el win me borra la configuración y tengo que configurarlo de nuevo, pero en win no es una sorpresa eso, en linux lo que se me borran es la lista de los archivos compartidos (shareddir.dat), pero bueno, los inyecto de nuevo a partir de un backup ;-)
bye